Melalui usaha-usaha penelitian dan persiapan serta perjuangan oleh Ikatan Sarjana Katolik Indonesia (ISKI) Cabang Yogyakarta pada tahun 1964, yang terdiri dari :
1. Prof. R.A. Soehardi, S.H.
2. A. Soetiyoso, S.H.
3. Drs. A.J. Liem Sioe Siet
4. Prof. Drs. P.I. Oey Liang Lie
5. Prof. Dr. Leo Sukoto, S.J.
dan dengan dukungan Sri Sultan Hamengku Buwono IX selaku Kepala Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta dan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI, Mashuri, S.H. maka melalui suatu Badan Hukum Yayasan Slamet Riyadi Yogyakarta lahirlah Universitas Katolik Atma Jaya Yogyakarta pada tanggal 27 September 1965. Pada saat berdirinya universitas Atma Jaya Yogyakarta hanya memiliki dua fakultas, yakni Fakultas Hukum dan Fakultas Ekonomi. Pada saat itu, pelaksanaan perkuliahan diselenggarakan di IKIP Sanata Dharma (sekarang Universitas Sanata Dharma).
Dengan disaksikan civitas akademika Universitas Katolik Atma Jaya Cabang Yogyakarta, pada tanggal 3 Oktober 1973 dilakukan pembangunan Kampus Universitas Katolik Atma Jaya Cabang Yogyakarta yang terletak di Jalan Demangan Baru 28 Yogyakarta. Pada tanggal 31 Desember 1973, Universitas Katolik Atma Jaya Cabang Yogyakarta berdiri sendiri dengan nama Universitas Atma Jaya Yogyakarta. Pada tahun 1976, Fakultas Hukum menempati gedung baru yang terletak di Jl. Demangan Baru 28.
Melalui Surat Keputusan Menteri P dan K Nomor 074/U/1978 Fakultas Hukum Universitas Atma Jaya Yogyakarta memperoleh status terdaftar, dan melalui Surat Keputusan Nomor 0243/0/1985 memperoleh status diakui. Sedangkan Status Disamakan diperoleh melalui Surat Keputusan Nomor 008/0/1988 yang diperbaharui dengan Surat Keputusan Nomor 0189/0/1992. Status terakreditasi ini memperoleh Surat Keputusan melalui Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI Nomor : 022/BAN-PT/AK-IX/VII/2005.
Terakhir Program Studi Hukum pada Program Sarjana mendapat Peringkat Akreditasi Unggul berdasar SK Nomor : 4921/SK/BAN-PT/Ak-KP/S/XI/2023. Kemudian untuk Program Studi Hukum pada Program Magister mendapat Peringkat Akreditasi A berdasar SK Nomor : 5767/SK/BAN-PT/Ak-PNB/M/IX/2020.